(Как только поезд тронулся), [пассажиры повеселели и стали обсуждать], (почему всё-таки он стоял) и (каковы причины неожиданной стоянки).
Запятая 1 ставится между придаточным времени и главной частью. Придаточное присоединяется составным союзом КАК ТОЛЬКО: пассажиры повеселели (когда?) как только поезд тронулся.
Запятая 2 ставится перед придаточным изъяснительным, которое зависит от сказуемого стали обсуждать: стали обсуждать (что?) почему всё-таки он стоял.
Запятая 3 не ставится, потому что придаточные почему всё-таки он стоял и каковы причины неожиданной стоянки являются однородными: оба зависят от сказуемого стали обсуждать и отвечают на один вопрос (что?). Они соединены одиночным союзом И, поэтому запятая между ними не нужна.
Запятая 4 не ставится перед вторым однородным придаточным, так как оно соединено с первым одиночным союзом И: (почему всё-таки он стоял) и (каковы причины неожиданной стоянки).
Здесь сочетаются два типа подчинения: придаточное времени как только поезд тронулся относится ко всей главной части, а два изъяснительных придаточных имеют однородное соподчинение.