[После долгой дороги утомлённые путники напились из колодца], (вода в котором показалась им необыкновенно вкусной).
Запятая 1 не ставится: сочетание после долгой дороги является обстоятельством времени и не требует обособления. Грамматическая основа главной части — путники напились.
Запятая 2 ставится перед придаточным определительным, которое относится к слову колодца: колодца (какого?) вода в котором показалась им необыкновенно вкусной. Придаточная часть присоединяется союзным словом КОТОРОМ с предлогом В.
Запятая 3 не ставится: сочетание в котором входит в состав придаточной части и не разрывается запятой. Грамматическая основа придаточного — вода показалась вкусной.