[Спортсмены активно используют аминокислоты], (важнейшее свойство которых обнаружено учёными сравнительно недавно).
Запятая 1 ставится перед придаточным определительным, которое относится к слову аминокислоты: аминокислоты (какие?) важнейшее свойство которых обнаружено учёными сравнительно недавно. Придаточная часть присоединяется союзным словом КОТОРЫХ.
Запятая 2 не ставится. Союзное слово КОТОРЫХ находится не в начале придаточной части: она начинается сочетанием важнейшее свойство. Поэтому граница главной и придаточной частей проходит в позиции 1, а не непосредственно перед которых.
Запятая 3 не ставится: грамматическая основа придаточной части — свойство обнаружено. Союзное слово которых является определением при слове свойство, поэтому сочетание важнейшее свойство которых не отделяется от сказуемого обнаружено.