[Дедушка рассказал историю], (фольклорный характер которой все мы инстинктивно почувствовали), но (которая на самом деле произошла именно с ним).
Запятая 1 ставится перед придаточным определительным, которое относится к слову историю: историю (какую?) фольклорный характер которой все мы инстинктивно почувствовали. Придаточная часть присоединяется союзным словом КОТОРОЙ.
Запятая 2 не ставится. Союзное слово КОТОРОЙ находится не в начале придаточной части: она начинается сочетанием фольклорный характер. Поэтому граница главной и придаточной частей проходит в позиции 1, а не непосредственно перед которой.
Запятая 3 не ставится: после союзного слова которой продолжается та же придаточная часть. Грамматическая основа — мы почувствовали, а сочетание фольклорный характер которой является дополнением: почувствовали (что?) характер.
Запятая 4 ставится перед противительным союзом НО, который соединяет два однородных придаточных определительных: фольклорный характер которой все мы инстинктивно почувствовали и которая на самом деле произошла именно с ним. Оба придаточных относятся к слову историю и отвечают на один вопрос (какую?).
Схема: [главное], (определительное), но (определительное).