[И уже после книги «Матушка-рожь», (большую часть которой составляли стихи именно девяностых годов), я понял], (что глубоко заблуждался).
Запятая 1 ставится перед придаточным определительным, которое относится к слову книги: книги (какой?) большую часть которой составляли стихи именно девяностых годов. Придаточная часть присоединяется союзным словом КОТОРОЙ.
Запятая 2 не ставится. Союзное слово КОТОРОЙ находится не в начале придаточной части: она начинается сочетанием большую часть которой. Грамматическая основа придаточного — стихи составляли, а сочетание большую часть которой является дополнением.
Запятая 3 ставится, потому что здесь заканчивается придаточное определительное большую часть которой составляли стихи именно девяностых годов и продолжается главная часть: я понял.
Запятая 4 ставится перед придаточным изъяснительным, которое зависит от сказуемого понял: понял (что?) что глубоко заблуждался. Придаточная часть присоединяется союзом ЧТО.
Придаточное определительное находится внутри главной части, поэтому выделяется с двух сторон запятыми 1 и 3; после него к сказуемому понял присоединяется придаточное изъяснительное.