[Иоганну Себастьяну Баху, (полифоническое мастерство которого достигло своей вершины в «Искусстве фуги»), принадлежит много произведений духовной музыки].
Запятая 1 ставится перед придаточным определительным, которое относится к имени Иоганну Себастьяну Баху: Баху (какому?) полифоническое мастерство которого достигло своей вершины в «Искусстве фуги». Придаточная часть присоединяется союзным словом КОТОРОГО.
Запятая 2 не ставится. Союзное слово КОТОРОГО находится не в начале придаточной части: она начинается словами полифоническое мастерство. Поэтому граница главной и придаточной частей проходит в позиции 1, а не непосредственно перед которого.
Запятая 3 не ставится: сочетание достигло своей вершины в «Искусстве фуги» входит в одну придаточную часть. Грамматическая основа придаточного — мастерство достигло, а союзное слово которого является определением при слове мастерство.
Запятая 4 ставится, потому что здесь заканчивается придаточное определительное полифоническое мастерство которого достигло своей вершины в «Искусстве фуги» и продолжается главная часть: Иоганну Себастьяну Баху принадлежит много произведений духовной музыки.
Придаточное находится внутри главной части, поэтому выделяется с двух сторон запятыми 1 и 4.