[В небольшом романе, (стержнем которого служит любовная история Петра Гринёва и Марии Мироновой), А. С. Пушкин задаёт сложные философские вопросы].
Запятая 1 ставится перед придаточным определительным, которое относится к слову романе: романе (каком?) стержнем которого служит любовная история Петра Гринёва и Марии Мироновой. Придаточная часть присоединяется союзным словом КОТОРОГО.
Запятая 2 не ставится: сочетание стержнем которого целиком входит в придаточную часть и не разрывается запятой. Союзное слово которого находится не в начале придаточного предложения.
Запятая 3 не ставится: сочетание любовная история Петра Гринёва и Марии Мироновой является единым членом придаточного предложения. Грамматическая основа придаточной части — история служит (стержнем).
Запятая 4 ставится, потому что здесь заканчивается придаточное определительное стержнем которого служит любовная история Петра Гринёва и Марии Мироновой и продолжается главная часть: в небольшом романе А. С. Пушкин задаёт сложные философские вопросы.
Придаточное находится внутри главной части, поэтому выделяется с двух сторон запятыми 1 и 4.