[Теперь все живые сцены путешествия вошли в поэму], (сюжет которой был достаточно неопределённым).
Запятая 1 ставится перед придаточным определительным, которое относится к слову поэму: поэму (какую?) сюжет которой был достаточно неопределённым. Придаточная часть присоединяется союзным словом КОТОРОЙ.
Запятая 2 не ставится. Союзное слово КОТОРОЙ находится не в начале придаточной части: она начинается со слова сюжет. Поэтому граница главной и придаточной частей проходит в позиции 1, а не непосредственно перед которой.
Запятая 3 не ставится: грамматическая основа придаточной части — сюжет был неопределённым. Союзное слово которой является определением при слове сюжет, поэтому сочетание сюжет которой не отделяется от сказуемого был неопределённым.