[Маленькие горные речки превратились теперь в бурные потоки], (переправа через которые отняла у нас много времени).
Запятая 1 не ставится: маленькие горные речки — подлежащее, превратились — сказуемое. Между подлежащим и сказуемым запятая не нужна.
Запятая 2 ставится перед придаточным определительным, которое относится к слову потоки: потоки (какие?) переправа через которые отняла у нас много времени. Придаточная часть присоединяется союзным словом КОТОРЫЕ с предлогом ЧЕРЕЗ.
Запятая 3 не ставится. Союзное слово КОТОРЫЕ находится не в начале придаточной части: она начинается со слова переправа. Поэтому граница главной и придаточной частей проходит в позиции 2, а не непосредственно перед сочетанием через которые.
Запятая 4 не ставится: сочетание через которые является членом придаточного предложения и относится к слову переправа: переправа (через что?) через которые. Грамматическая основа придаточной части — переправа отняла.