[Семья Шишкиных жила на высоком берегу Тоймы в доме], (из окна которого была видна петляющая по заливным лугам река).
Запятая 1 ставится перед придаточным определительным, которое относится к слову доме: доме (каком?) из окна которого была видна петляющая по заливным лугам река. Придаточная часть присоединяется союзным словом КОТОРОГО.
Запятая 2 не ставится: сочетание из окна которого целиком входит в придаточную часть и не разрывается запятой. Союзное слово которого находится не в начале придаточного предложения.
Запятая 3 не ставится: после союзного слова которого продолжается та же придаточная часть. Грамматическая основа придаточного — река была видна.