[Знаменитый медный рудник около Нижнего Тагила — это единственное по своему богатству и мощности месторождение малахита, за исключением Гумешевского рудника], (запасы малахита в котором уже давно исчерпаны).
Запятая 1 ставится перед придаточным определительным, которое относится к сочетанию Гумешевского рудника: рудника (какого?) запасы малахита в котором уже давно исчерпаны. Придаточная часть присоединяется союзным словом КОТОРОМ с предлогом В.
Запятая 2 не ставится: сочетание запасы малахита является частью придаточного предложения и не требует обособления.
Запятая 3 не ставится. Союзное слово КОТОРОМ находится не в начале придаточной части: она начинается со слова запасы. Поэтому граница главной и придаточной частей проходит в позиции 1, а не непосредственно перед сочетанием в котором.
Запятая 4 не ставится: сочетание в котором входит в состав придаточного предложения. Грамматическая основа придаточной части — запасы исчерпаны.