[Холодные осенние тени бродили по лесу], (деревья в котором замерли в ожидании зимы).
Запятая 1 не ставится: холодные осенние тени — подлежащее, бродили — сказуемое. Между подлежащим и сказуемым запятая не нужна.
Запятая 2 ставится перед придаточным определительным, которое относится к слову лесу: лесу (какому?) деревья в котором замерли в ожидании зимы. Придаточная часть связана с главной союзным словом КОТОРОМ с предлогом В.
Запятая 3 не ставится. Союзное слово КОТОРОМ находится не в начале придаточной части: она начинается со слова деревья. Поэтому граница главной и придаточной частей проходит в позиции 2, а не непосредственно перед сочетанием в котором.
Запятая 4 не ставится: сочетание в котором является членом придаточного предложения и относится к сказуемому замерли: замерли (где?) в котором.