[Лецитин является веществом], (дефицит которого влечёт повышенную утомляемость и ухудшение памяти).
Запятая 1 ставится перед придаточным определительным, которое относится к слову веществом: веществом (каким?) дефицит которого влечёт повышенную утомляемость и ухудшение памяти. Придаточная часть присоединяется союзным словом КОТОРОГО.
Запятая 2 не ставится. Союзное слово КОТОРОГО находится не в начале придаточной части: она начинается со слова дефицит. Поэтому граница главной и придаточной частей проходит в позиции 1, а не непосредственно перед которого.
Запятая 3 не ставится: грамматическая основа придаточной части — дефицит влечёт. Союзное слово которого является определением при слове дефицит, поэтому сочетание дефицит которого не отделяется от сказуемого влечёт.